El ITESO es la universidad privada de la región con el mayor número de académicos integrados al Sistema Nacional de Investigadores (SNI), órgano creado para reconocer la calidad y la labor de los académicos dedicados a producir conocimiento científico y de tecnología. Los programas formales de investigación son:
CAMPOS ESTRATÉGICOS DEL SISTEMA UNIVERSITARIO JESUITA. Líneas de investigación:
Pobreza y exclusión, Modelos y políticas educativas y posgrado en educación, Procesos educativos mediados por tecnologías de información y comunicación.
Programas formales de investigación en el ITESO
DEPARTAMENTO DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS. Líneas de investigación:
Dinámica socioeconómica, Pobreza, Política económica, Desarrollo, Política social, Economía y medio ambiente, Administración de la innovación y la tecnología, Biotecnología.
DEPARTAMENTO DE ELECTRÓNICA, SISTEMAS E INFORMÁTICA. Líneas de investigación:
Procesos de software, Gestión de la tecnología, Diseño electrónico.
DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS SOCIOCULTURALES. Líneas de investigación:
Sistemas de comunicación y prácticas sociales, Matrices culturales y mediaciones del saber social, Identidades sociales y ciudadanías culturales.
DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS SOCIOPOLÍTICOS Y JURÍDICOS. Líneas de investigación:
Comportamiento electoral, Concepción de ciudadanía, Organización política desde la sociedad civil, Políticas públicas.
DEPARTAMENTO DE MATEMÁTICAS Y FÍSICA. Líneas de investigación:
Aplicación de la matemática y la física a la resolución de problemas industriales, Investigación básica en matemáticas y física, Docencia en física y matemáticas.
DEPARTAMENTO DE PROCESOS DE INTERCAMBIO COMERCIAL. Líneas de investigación:
Mercados y economía informal, Comportamiento del consumidor, Análisis de los sectores industriales, Desarrollo de estrategia de las empresas, Mercadotecnia social, Análisis del comercio de Europa Oriental, Diagnósticos y propuestas de instrumentos de certificación de la calidad.
CENTRO DE INVESTIGACIÓN Y FORMACIÓN SOCIAL. Líneas de investigación:
Gobierno local, Relación global / local, Relación hombre / entorno.